Okres wylęgania (inkubacji) wirusa w organizmie gospodarza trwa do 4 dni (u dzieci stwierdzono, że okres ten może się przedłużyć nawet do 10 dni). Wirusy atakują komórki gospodarza w nabłonku śluzowym nosa, gardła oraz górnych partii drzewa oskrzelowego, namnażają się w nich (replikując swój materiał genetyczny, czyli RNA) i zmuszając komórki gospodarza do produkcji cząstek wirusa (osłonka, kapsyd). Już po kilku godzinach od infekcji wirusem, w organizmie zakażonej osoby pojawiają się nowe cząstki wirusa grypy. Organizm chcąc się bronić przeciw atakowi mikrobów wytwarza swoiste przeciwciała, które mają za zadanie w szybkim tempie zastopować namnażanie wirusa. Osoby, które przebyły grypę, po ponownym zainfekowaniu tym samym wirusem, będą miały łagodniejsze objawy, gdyż organizm „zapamiętał”, jak się bronić przed chorobą wywołaną konkretnym typem wirusa.